Le 7 octobre 2026, les autorités sanitaires ont été informées de l’infection par le virus Shamonda d’un patient fortement immunodéprimé pris en charge pour une atteinte neurologique grave aux Hospices Civils de Lyon et qui est décédé. Les premières investigations menées ont mis en évidence la présence du virus dans plusieurs prélèvements biologiques, confirmant la présence de l’infection du patient par le virus. A ce jour, aucune transmission interhumaine ni aucun risque sanitaire pour la population générale n’a été identifié. Des investigations cliniques, biologiques et épidémiologiques complémentaires sont en cours associant les expertises en santé humaine, animale et environnementale afin notamment de déterminer les modes de transmission les plus probables et mieux caractériser les risques potentiels pour la santé humaine.

Qu’est-ce que le virus Shamonda ?

Le virus Shamonda est un virus du genre Orthobunyavirus, identifié pour la première fois au Nigéria dans les années 1960. Le virus se transmet entre animaux via des moucherons piqueurs du genre Culicoides. Il touche principalement les ruminants (bovins, ovins et caprins) provoquant des symptômes transitoires comme de la fièvre, des diarrhées, une baisse de la production laitière, ainsi que des avortements ou des malformations congénitales. Le virus Shamonda a également été détecté dans le système nerveux central de chevaux présentant des troubles neurologiques, ainsi que chez des alpagas. 

En 2026, une nouvelle lignée (appelée Shamonda-Europe) s’est rapidement propagée en Europe depuis cet été, y compris en France. Au 20 octobre 2026, le virus a été détecté chez des bovins dans 52 départements hexagonaux, chez des ovins dans deux départements (Oise et Aveyron), et chez un cheval dans l’Hérault. 

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Ce virus présente-t-il un risque sanitaire pour la population générale ?

Jusqu’alors, ce virus était réputé non transmissible à l’humain. La détection d’un premier cas humain d’infection au virus Shamonda en France s’explique par le caractère exceptionnel de l’état de santé du patient concerné, marqué par une immunodépression profonde. Cette détection a été réalisée grâce à des investigations microbiologiques approfondies menées par les Hospices Civils de Lyon. 

A ce jour et en l’état des connaissances disponibles, aucun élément ne suggère une transmission interhumaine ni un risque sanitaire pour la population générale. Toutefois, compte tenu du caractère inédit de cette détection chez l’humain, les investigations se poursuivent et visent à :

• déterminer les modes de transmission les plus probables ;
• exclure toute autre source potentielle de contamination ;
• mieux caractériser alors les risques potentiels pour la santé humaine.

A ce stade et en prenant en compte les éléments rapportés par l’entourage du malade l’hypothèse privilégiée est celle d’une transmission par la piqûre d’un moucheron piqueur (culicoïde) infecté. D’autres hypothèses continuent néanmoins d’être explorées afin d’exclure toute autre source potentielle de contamination. Les investigations portent notamment sur l’environnement du patient, ses déplacements récents et d’éventuelles expositions à des animaux ou à des insectes vecteurs.

Quelles sont les mesures mises en œuvre et le rôle de Santé publique France ?

Afin de mieux caractériser la situation et évaluer les risques pour l’homme, les investigations se poursuivent, en lien avec différents acteurs :

• les laboratoires de référence en santé animale (Laboratoire National de Référence de l’Anses) et en santé humaine (Centre National de Référence des Arbovirus) ;
• l’École nationale vétérinaire de Toulouse ;
• les Hospices Civils de Lyon.

Santé publique France assure une veille active pour détecter toute évolution de la situation épidémiologique. Le Centre National de Référence des Arbovirus travaille à l’amélioration des méthodes de diagnostic biologique afin de mieux détecter le virus chez l’humain.

Pour mieux comprendre l’origine et le mécanisme de l’infection, des analyses sont en cours :

• chez le patient : séquençage complet du génome viral et comparaison avec les souches animales en circulation, investigations épidémiologiques et immunologiques pour déterminer l’origine de l’infection ;
• chez l’animal et dans l’environnement : surveillance génomique chez les ruminants, étude des cas neurologiques chez les équins et analyse des collections de culicoïdes (moucherons), collectées au cours de la saison.

Santé publique France intègre cette surveillance dans une démarche One Health (Une seule santé) et travaille en étroite collaboration avec ses partenaires dans les domaines de la santé humaine, animale et environnementale. Cette approche, basée sur l’actualisation et la mutualisation permanente des données, vise à mieux protéger la santé de tous, en considérant les liens entre les humains, les animaux et leur environnement.